北京大学深圳医院原名“深圳市中心医院”三级甲等医院，是深圳市政府投资4.5亿元人民币建成的现代化综合性医院。医院于1999年底建成开业，2001年9月，深圳市政府与北京大学合作，医院更名为“北京大学深圳医院”和“北京大学深圳临床医学院”，纳入北京大学附属医院管理体系。
医院占地面积6.7万平方米，建筑面积9.0万平方米，编制病床800张，实际开放病床925张。医院总资产9.3亿元，拥有总价值超3.0亿元的现代化医疗设备。 医院现有正式员工1700多名。其中拥有副主任医师以上职称的高级技术人才300多名，有硕士以上学位人员310多名，有海外留学经历人员38名。 医院开设临床医技科室52个，其中国家级技术准入专科1个，省级重点特色医学专科1个，市级重点专科（实验室）6个，院级重点学科3个。开展了一大批医学高新技术和特色服务项目，吸引了深圳、香港、澳门以及周边地区的大批患者，还有来自全球36个国家和地区的外宾前来就诊。医院年门急诊量170多万人次，年出院病人近3万人次，成为深圳市最具影响力的重要医疗机构之一。 临床医学院成立内、外、妇儿等二级教研室23个，三级教研室27个。年接收北京大学本科、研究生、临床实习生50多名，其他实习、进修人员100多名。建立博士后科研工作站1个，博士培养点5个，硕士培养点37个，共有硕士、博士导师76名。现已承担了10多项与WHO组织合作项目、国家、省自然科学基金项目，300多项国家、部省、厅、市级科研课题，并获得多项国家、省、市科技成果和国家专利。 医院与北京大学、香港科技大学在技术和学术方面展开了广泛的交流与合作，逐步拓展对外交流渠道，与日本东京癌研有明病院建立了姊妹医院关系，并与世界知名的美国休斯顿医学中心、华盛顿大学医学中心、加利弗尼亚大学旧金山医学中心建立了交流合作关系，多次互访。
目前，医院二期规划建设工程正式立项，并已经开工。政府将投资6.85亿元，新建外科住院楼、教学科研基地、门急诊扩建以及三层地下车库，新增总建筑面积8.52万平方米。届时，医院总建筑面积达20.5万平方米，床位总数1200张，停车位达816个。
科研成果
现承担10多项国家、省自然科学基金项目，630多项国家、省部、市级科研课题，并获得多项国家、省、市科技成果和国家专利。
